Versko podobo prostora so zaznamovali katoličani, protestanti in židi. Prvo cerkveno organizacijo so v srednjem veku vzpostavili katoličani, ki predstavljajo večino verujočega prebivalstva Pomurja. Katoliške cerkve so v času reformacije prevzeli protestanti in jih zadržali do zmage protireformacije. Takrat so bile tukaj napisane in natisnjene prve madžarske ter napisane prve slovenske knjige. Svoje župnije so lahko ponovno ustanavljali od konca 18. stol. dalje, največ v Prekmurju. Večina protestantov jih luteranov, v Motvarjevcih je edina župnija reformirane cerkve. Židje so bili pregnani iz Štajerske konec 15. stol., v Prekmurje pa so se množičneje naseljevali v 19. stol. Do 2. svetovne vojne in holokavsta so tvorili največjo židovsko skupnost na območju današnje Slovenije.
V cerkvah in cerkveni umetnosti so svoje sledi pustili vsi umetnostni slogi, od romanike do 20. stol., ki ga zaznamuje Plečnikova cerkev v Bogojini. Najlepša gotska spomenika je v Turnišču in Martjancih izvedla delavnica Janeza Akvile. Do danes se je ohranila le sinagoga v Lendavi, nedaleč pa je ohranjeno tudi največje židovsko pokopališče v Sloveniji.
Foto: v pasici: Tora iz sinagoge v Murski Soboti, 1. polovica 20. stol. (foto: Tomislav Vrečič)