Pomurje je aprila 1941 zasedla nemška vojska in po desetih dneh oblast v Prekmurju predala Madžarom. Ti so pokrajino ponovno vključili v upravno razdelitev, kot je bila tukaj pred 1919. Upor, ki so ga organizirali člani Komunistične partije, je bil zgodaj zadušen z aretacijami in procesi, in je ponovno oživel šele jeseni 1944. Prekmurje so aprila 1945 osvobodili borci Rdeče armade in edine partizanske vojaške enote Prekmurske čete.