Poleg katoličanov živi v Prekmurju večina slovenskih protestantov, ki se delijo med različne cerkve. Reformacija se je tukaj širila od prve polovice 16. stoletja in med 1573 in 1574 so bile na gradu v Lendavi natisnjene prve knjige na območju Slovenije. Knjige v slovenskem prekmurskem jeziku so izhajale od 1715, ko je v Nemčiji izšel prevod Lutrovega malega katekizma. V holokavstu je bila uničena židovska skupnost, za katero pa so ostali spomeniki in predmeti.
Tukaj živijo strnjeno pripadniki madžarske narodne skupnosti, katerih del se istoveti s tradicijo zgodovinske pokrajine Hetés in največja etnična skupina Romov v Sloveniji.